वि.सं. २०४० सालमा नेपाली र अमेरिकन वैज्ञानिकहरुको टोलीले मकालु वरुण क्षेत्रमा रुख भालूको अध्ययन गर्ने क्रममा उक्त क्षेत्र अनुपम भू-बनोट र अद्वितीय जैविक विविधताले भरिपूर्ण छ भन्ने खालको प्रारम्भिक जानकारी प्राप्त हुन आएको थियो । तत्पश्चात् वि.सं. २०४१ सालमा तत्कालीन नेपाल राजकीय प्रज्ञा प्रतिष्ठानका सदस्य डा. तीर्थबहादुर श्रेष्ठ समेतको टोलीले यसलाई संरक्षित क्षेत्रको रुपमा संरक्षण र विकसित गर्नुपर्छ भन्ने धारणा अगाडि सार्नु भएको थियो ।

अन्तर्राष्ट्रिय स्तरमा यसको बारेका प्रचारप्रसार गर्न र मान्यता प्राप्त गर्नको लागि वि.सं. २०४३ सालमा तत्कालीन उडल्याण्डस् माउन्टेन इन्स्टिच्यूटका अध्ययन टोलीद्वारा अन्तर्राष्ट्रिय सम्मेलनमा मकालु वरुण क्षेत्रको संरक्षण गर्ने कार्ययोजना प्रस्तुत गरियो । फलस्वरुप तत्कालीन राजा स्व. वीरेन्द्र वीर विक्रम शाहदेवको प्रमुख आतिथ्यमा संखुवासभा जिल्लाको साबिकको हटिया गा.वि.स.को साल्दीमा क्षेत्रमा १० दिने गोष्ठीको आयोजना गरियो । उक्त गोष्ठीमा नेपालका उच्च ओहदाका कर्मचारीहरु, शिक्षाविद्हरु र राष्ट्रिय तथा अन्तर्राष्ट्रिय जगत्मा ख्याती प्राप्त संरक्षणविद्हरुको उपस्थिति थियो । यो गोष्ठी साल्दीमा गोष्ठीको नामले प्रख्यात छ ।

सो गोष्ठी पश्चात् वि.सं. २०४४ को अन्त्यतिर राष्ट्रिय निकुञ्ज तथा वन्यजन्तु संरक्षण विभाग र द माउन्टेन इन्स्टिच्यूटद्वारा मकालु वरुण संरक्षण क्षेत्र आयोजना सञ्चालन गर्न सहमति भयो । फलस्वरुप सो क्षेत्रको सर्वेक्षण गरी संरक्षणका कार्यक्रमहरु सिफारिस गर्न डा. तीर्थबहादुर श्रेष्ठको संयोजकत्वमा एक कार्यदल गठन भयो । मिति २०४५ साल भाद्र १३ गतेका दिन द माउन्टेन इन्स्टिच्यूटले १२ वर्षसम्म यस क्षेत्रको संरक्षण गर्न सहयोग गर्ने बारे राष्ट्रिय निकुञ्ज तथा वन्यजन्तु संरक्षण विभाग र द माउन्टेन इन्स्टिच्यूट बिचमा संझौता सम्पन्न भयो ।

सो कार्यदलले विभिन्न सर्वेक्षण तथा अध्ययन गरी ४ वटा प्रतिवेदनहरु (राष्ट्रिय निकुञ्ज व्यवस्थापन, सामुदायिक स्रोत व्यवस्थापन, पर्यटन विकास व्यवस्थापन र वैज्ञानिक अनुसन्धान) प्रकाशित गर्यो । यी प्रतिवेदनहरुको आधारमा मकालु वरुण राष्ट्रिय निकुञ्ज तथा संरक्षण क्षेत्रको व्यवस्थापन योजनाको तयारी गरियो । स्थानीय जनतालाई संरक्षण र व्यवस्थापन कार्यमा सहभागी गराउने र उनीहरुको सामाजिक तथा आर्थिक विकासमा टेवा पुर्याउने उद्देश्यका साथ सो व्यवस्थापन योजना वि.सं.२०४८ सालमा नेपाल सरकारले स्वीकृत गरी मिति २०४८ साल मंसीर २ गते विधिवत् रुपमा मकालु वरुण राष्ट्रिय निकुञ्ज तथा संरक्षण क्षेत्र घोषणा भयो । स्थानीय जनताको वन पैदावारको मागलाई सहज आपूर्ति गर्ने प्रमुख उद्देश्यका साथ मिति २०५५ साल माघ २५ गते संरक्षण क्षेत्रलाई विधिवत् रुपमा मकालु वरुण राष्ट्रिय निकुञ्जको मध्यवर्ती क्षेत्रको रुपमा घोषणा भयो ।

पूर्वी हिमाली श्रृंखलामा रहेको विश्वको पाँचौ अग्लो हिमाल मकालु र यस क्षेत्रमा रहेको वरुण उपत्यका र वरुण खोलाको नामबाट यस राष्ट्रिय निकुञ्जको नामाकरण गरिएको हो । उचाइ र हावापानीको धेरै विविधता भएको मकालु वरुण क्षेत्र, वन, वनस्पति र वन्यजन्तुको दृष्टिकोणले समृद्ध मानिन्छ । करिब २,३३० वर्ग कि.मि. क्षेत्रफल ओगटेको मकालु वरुण राष्ट्रिय निकुञ्ज तथा मध्यवर्ती क्षेत्र बृहत् हिमाली पर्यावरणको एउटा महत्वपूर्ण अंग हो ।