दुरदृष्टि
मकालु-बरुण राष्ट्रिय निकुञ्ज र यसको मध्यवर्ती क्षेत्रलाई नेपालको पूर्वी हिमाली क्षेत्रको अद्वितीय जैविक विविधताको प्रतिनिधि उदाहरणका रूपमा परिकल्पना गरिएको छ। यस क्षेत्रको व्यवस्थापन जैविक विविधताको संरक्षण गर्ने तथा स्थानीय समुदायको जीविकोपार्जन सुधार गर्ने उद्देश्यले गरिन्छ, जसले हिमताल विस्फोटजन्य बाढी (GLOFs) र परिवर्तनशील पारिस्थितिक क्षेत्रहरू सहित जलवायु परिवर्तनका प्रभावहरू सामना गर्ने उनीहरूको क्षमता अभिवृद्धि गर्दछ।

लक्ष्य
मकालु-बरुण राष्ट्रिय निकुञ्ज र यसको बफर जोनको व्यवस्थापन लक्ष्य जलवायु-संवेदनशील संरक्षण प्रयासलाई सुदृढ गर्दै यस क्षेत्रका जैविक, सांस्कृतिक तथा सौन्दर्यात्मक मूल्यहरू कायम राख्नु हो। यो लक्ष्यले निकुञ्जलाई प्रेरणा, मनोरञ्जन र शिक्षाको स्रोतका रूपमा संरक्षण गर्दै जलवायु अनुकूलन, न्यूनीकरण तथा दिगो विकास रणनीतिहरूलाई एकीकृत गरी स्थानीय समुदायको जीविकोपार्जनमा सहयोग गर्ने कुरामा केन्द्रित छ।

उद्देश्यहरू
मुख्य उद्देश्य निकुञ्जको जैविक विविधता संरक्षण गर्नु तथा प्राकृतिक र सांस्कृतिक सम्पदाको प्रभावकारी व्यवस्थापनमार्फत स्थानीय समुदायको जीविकोपार्जनलाई सहयोग गर्न पारिस्थितिक पर्यटन प्रवर्द्धन गर्नु हो। विशिष्ट उद्देश्यहरू यसप्रकार छन्:
• जलवायु-संवेदनशील, विश्वस्तरमा संकटापन्न तथा राष्ट्रिय रूपमा संरक्षित वन्यजन्तु र तिनका आवासहरूमा विशेष ध्यान दिँदै पारिस्थितिक कार्य र प्रक्रियाहरू कायम राखी जैविक विविधताको संरक्षण गर्नु।
• प्राकृतिक, सांस्कृतिक, प्रेरणादायी, शैक्षिक तथा मनोरञ्जनात्मक उद्देश्यका लागि दिगो पर्यटन प्रवर्द्धन गर्नु।
• बफर जोनका समुदायलाई सशक्त बनाउँदै चरन व्यवस्थापन, औषधिजन्य वनस्पति तथा अन्य स्रोतहरूको दिगो संकलन नियमन गरी स्थानीय समुदायको जीविकोपार्जन सुधारमा योगदान गर्नु।
• अनुसन्धान, क्षमता अभिवृद्धि, समन्वय तथा सहकार्यमार्फत संस्थागत क्षमता सुदृढ गर्नु।